插手妖巫之争。
其中，帝江遭仙道围攻而殒。巫族剩余九大祖巫（句芒、蓐收、烛九阴、强良、奢比尸、天吴、弇兹、玄冥、后土）。
经此一战，其余祖巫陨尽，玄冥修为最强，与太一同归于尽，妖巫俱殒，若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附玄门，巫妖两族由此势弱。
大战过后，巫妖两族彻底失去了争霸洪荒的实力，被迫退出历史舞台，人族在三皇治世，五帝为君后兴盛，开始了称霸洪荒的时代。
《洪荒：巫妖大战》的背景就是选取巫族和妖族的大战，这时候人族也早已经出现，按照游戏设定，玩家们可选择种族也多了起来，巫族、妖族、人族、先天神 族，甚至是上一部的主角，龙族、凤族、麒麟族。